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Si tienes que asistir a urgencias, con el informe, ¿ puedes justificar un dia completo. o tienes que solicitar la baja si por este motivo faltas dos dias al trabajo.

Perdona pero no entiendo bien tu pregunta, pero intentaré ayudarte en lo que entiendo, La instrucción 4/2012 indica en su punto 7.1 Justificación de ausencias: "1. Todas las ausencias, faltas de puntualidad o abandono del centro y en general cualquier incumplimiento en materia de jornada y horario, deberán ponerse en conocimiento de la Jefatura del Servicio, o en su caso de la persona titular del centro, unidad o dependencia quien a su vez lo trasladará a la unidad de personal correspondiente". En este punto tú o algún familiar deberá comunicar al centro que te encuentras en urgencias (imagino).
En el punto 2: "Las ausencias y faltas de puntualidad y permanencia del personal en que se aleguen causas de enfermedad cuando sean inferiores a tres días, y otras causas sobrevenidas e imprevistas requerirán el aviso inmediato a la Jefatura del Servicio, o en su caso a la persona titular del centro, unidad o dependencia, así como su ulterior justificación acreditativa, que se notificará al órgano competente en materia de personal Se desprende que tienes que justificar el tiempo que has estado en Urgencias ¿y si hay ingreso?. Reza también la Instrucción en su punto 3"En todo caso, y sin perjuicio de la facultad de las personas referidas en los puntos anteriores (jefes)de exigir en cualquier momento la justificación oportuna, a partir del cuarto día de enfermedad será obligatoria la presentación del parte de baja y los sucesivos de confirmación con la siguiente periodicidad:
b)" El personal funcionario ( y nosotros laborales) afiliado al Régimen General de la Seguridad Social deberá presentar partes médicos de baja y de confirmación de baja dentro del plazo de tres días contados a partir de la fecha de su expedición"
4"Sin perjuicio del reflejo que deba tener a través de los medios de control mecánico o informático que se establezcan, todas las incidencias a que se refiere el apartado 1 deberán ser justificas por cualquier medio de prueba admisible en derecho"